Karierę piłkarską rozpoczynał w Boaviście FC, gdzie spędził większość swojej juniorskiej kariery. 27 sierpnia 2012 przeniósł się do Włoch, gdzie podpisał kontrakt z Novarą Calcio. Po zaledwie kilku tygodniach treningów z zespołami młodzieżowymi, Fernandes został włączony do kadry pierwszej drużyny. Ostatecznie wystąpił w ponad połowie wszystkich ligowych spotkań, zajmując z klubem piąte miejsce w Serie B i awansując z nim do playoffów o awans do ekstraklasy.
Latem 2013 Fernandes został zawodnikiem Udinese Calcio, dokąd trafił na zasadzie współwłasności. 3 listopada zadebiutował w Serie A podczas przegranego 0:3 meczu z Interem Mediolan. Pierwszą bramkę dla klubu Fernandes zdobył 7 grudnia 2013 roku podczas zremisowanego 3:3 spotkania z SSC Napoli i powtórzył ten wyczyn w zremisowanym 1:1 meczu kolejki rewanżowej. Ostatecznie 30 stycznia 2014 Udinese nabyło pełnię praw do jego karty zawodniczej.
29 stycznia 2020 Manchester United ogłosił, że doszedł do porozumienia ze Sportingiem w sprawie transferu Fernandesa[1]. 30 stycznia 2020 roku podpisał 5,5-letni kontrakt z opcją przedłużenia o kolejny rok z Manchesterem United. W nowym klubie zadebiutował 1 lutego 2020 w zremisowanym 0:0 meczu przeciwko Wolverhampton Wanderers, rozgrywając całe spotkanie. Swoją pierwszą bramkę dla Manchesteru United strzelił 23 lutego 2020 roku w wygranym 3:0 meczu przeciwko Watford. 2 grudnia 2021 roku Bruno rozegrał swój setny mecz w barwach Manchesteru United przeciwko Arsenalowi gdzie zdobył bramkę na 1:1, ostatecznie mecz skończył się wynikiem 3:2 dla Manchesteru United[2]. 20 lipca 2023 roku Manchester United wydał komunikat w którym poinformował, że portugalski pomocnik zostanie nowym kapitanem drużyny[3].