Клуб заснаваны ў 1961 годзе. З 1969 года клуб гуляў у Першай лізе чэмпіянату БССР. З 1992 года — у Вышэйшай лізе чэмпіянату Беларусі.
У пачатку сезона 2021 фан-рух «Шахцёра» адмовіўся падтрымліваць клуб, пакуль у краіне працягваюцца палітычныя судовыя справы, збіццё і забойства людей за ўласныя меркаванні[1].
У сезоне 2022 года каманда фінішавала ў чэмпіянаце на першым месцы. 30 студзеня 2023 года ў клубе адбыліся ператрусы, быў затрыманы дырэктар Аляксандр Марчанка. Пазней стала вядома, што Следчы камітэт Рэспублікі Беларусь распачаў крымінальную справу па факце спробы подкупу ўдзельнікаў спартыўных спаборніцтваў[2]. 11 мая 2023 года Беларуская федэрацыя футбола па выніках справы па дагаварным матчам пакарала «Шахцёр»: клуб быў пазбаўлены чэмпіёнства 2022 года, 30 ачкоў у чэмпіянаце 2023 года і 20 ачкоў у чэмпіянаце 2024 года, атрымаў штраф; дыскваліфікацыі і штрафы таксама атрымалі прадстаўнікі клуба Аляксандр Уладзіміравіч Марчанка і Уладзімір Нідэргаус, футбаліст Мікіта Корзун; таксама быў ануляваны вынік матча 30-га тура 2022 года з бабруйскай «Белшынай» (4:1), абедзвюм камандам прысуджаны тэхнічныя паражэнні (-:-)[3]. У той жа дзень клубу было адмоўлена ў атрыманні ліцэнзіі УЕФА, з-за чаго ён быў пазбаўлены права ўдзельнічаць у Лізе чэмпіёнаў[4]. 22 мая 2023 года «Шахцёр» быў пазбаўлены яшчэ 5 ачкоў у чэмпіянаце 2023 года[5]. У выніку каманда адразу апынулася ў канцы табліцы, пазней з-за нявыплат былым ігракам на «Шахцёр» былі накладзены забароны на трансферы, многія ігракі летам 2023 года пакінулі клуб. Тым не меней, нягледзячы на пагаршэнне вынікаў, каманда засталася баяздольнай і перагнала ў табліцы мінскі «Энергетык-БДУ» і бабруйскую «Белшыну», скончыўшы сезон на 13-м месцы з 15.