Fußball-Bayernliga 1988/89

Die Fußball-Bayernliga 1988/89 war die 11. Spielzeit der vom Bayerischen Fußball-Verband durchgeführten Bayernliga als Amateur-Oberliga. Der Meister der Bayernliga spielte analog zu den Vorjahren in der Aufstiegsrunde gegen die Meister der übrigen Oberligen um den Aufstieg in die 2. Bundesliga, während der Zweitplatzierte zur Teilnahme an der Amateurmeisterschaft berechtigt war. Aus der Bayernliga qualifizierte sich schließlich die SpVgg Unterhaching zum zweiten Mal in Folge für die Aufstiegsrunde 1989, in welcher man nach dem Scheitern im Vorjahr nun auch den Aufstieg erspielte. In die untergeordneten Ligen stiegen der TSV Ampfing, die SpVgg Landshut, der FC Wacker München und der 1. FC Kronach ab.

Bayernliga 1988/89
Meister	SpVgg Unterhaching
Relegation ↑	SpVgg Unterhaching
Absteiger	TSV Ampfing SpVgg Landshut FC Wacker München 1. FC Kronach
Mannschaften	17
Spiele	272
Tore	1022 (ø 3,76 pro Spiel)
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Ersetzt wurden sie in der folgenden Saison durch die Mannschaften des FC Memmingen, des VfB Helmbrechts, der SpVgg Plattling und der SpVgg Starnberg, die in die Bayernliga aufstiegen. Aus der 2. Bundesliga stieg kein Verein in die Bayernliga ab, wodurch sich die Anzahl der Mannschaften in der Saison 1989/90 auf 16 verringerte.