SARS-CoV-2

Den 22. januar 2020 udgav Journal of Medical Virology en rapport med en genomisk analyse, som overvejer at slanger i Wuhan-området er citat: "the most probable wildlife animal reservoir" for virussen. Mere forskning på området er dog påkrævet.^[10][11]

En homolog rekombinationshændelse kan have blandet en "clade A"-virus (flagermus SARS-lignende vira CoVZC45 og CoVZXC21) med RNA-binding af en indtil videre ukendt Beta-CoV.^[12][13]

Isolaten Wuhan-Hu-1 (GenBank-nummer MN908947^[14]) af SARS-CoV-2 viser store fylogenetiske ligheder med to coronavirus-isolater fra kinesiske flagermus, som blev karakteriseret i 2015 og 2017.^[15]

Isolatens virusgenom omfatter 29.875 bp med 281 bp henholdsvis 325 bp lange uoversatte områder ved 5'-enden og henholdsvis 3'-enden. De formodede kodende områder fordeler sig på 10 proteiner: et 7096 aminosyre langt ORF1ab-polyprotein, et 1282 aminosyre langt overflade-glykoprotein kaldet spike, et 75 aminosyre hylsterprotein (E), et 222 AS membranglykoprotein (M), et 419 AS nukleokapsid-fosfoprotein og yderligere 5 proteiner (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF8 og ORF10). Disse udgør genfølgen i SARS-virus og alle coronavira.^[16]

Helgenomssekventering af SARS-CoV-2 og indføring i databaser kan give et overblik over genetiske mutation i virussens genom.GISAID-databasen indeholder sådanne genomdata og analyser af genomet ses også i forbindelse med Nextstrain.^[17]

Det findes [mindst] titusindvis^[18] af varianter af virusset.^[19] I Norden har man fundet varianter af virusset; således har man i Norge konstateret "over 40"^[20] variationer.^[21]

En person med svækket immunsystem fik igennem sit COVID-19-sygdomsforløb en længere række af mutationer, særligt i spike-proteinet.^[22]

Før Omicron-varianten viste sig i mennesker i Sydafrika i 2021, kan den have udviklet sig i dyr. Det usædvanligt store antal mutationer sammenlignet med den originale variant - omkring 50, inklusive mere end 30 i Spike-proteinet, dvs. næsten tre gange så mange som Delta-varianten - antyder en udvikling i en usædvanlig vært, jf. minksagen og zoonose.

Notable varianter

• Cluster 5: I Danmark er der indtil 5. november 2020 fundet fem typer af varianter af SARS-CoV-2 i mink. Statens Serum Institut (SSI) har navngivet dem som cluster 1-5. Blandt disse varianter er der konstateret syv forskellige mutationer i virussets såkaldte spike-protein på virussets overflade. Der har været ændringer i aminosyrerne H69del/V70del, Y453F, I692V og M1229I.^{[23][24][25][26][27]}

• B.1.1.207^[28][29] er en variant som har en P681H mutation, som også findes i VOC-202012/01 fra Storbritannien.^[29]

• B.1.1.7^[30] også kendt som VOC 202012/01^{[31][32][33][34]} eller 20B/501Y.V1.^{[35][36][37][38][39]} Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i prøve fra den sydvestlige del af England.^[40] Varianten blev [først] kaldet VUI – 202012/01^[41].

• B.1.1.317^[42]

• B.1.1.318^[43][44]

• B.1.351^{[37][45][46][47][48][49][50][51]}

• Udviklingslinje B.1.429 også kendt som CAL.20C^{[52][53][54][55]}

• Udviklingslinje B.1.525^{[56][57][58][59][60][61][62]}

• B.1.617 er den dominerende variant i Indien ^[63]

• B.1.617.2. varianten kendes som “delta” og er mere smitsom ^[64]

• udviklingslinje P.1 blev opdaget i Tokyo d. 6. januar 2021 af Kokuritsukansenshōkenkyūjo (NIID). Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i fire personer, der ankom Tokyo efter at have rejst fra Amazonas (delstat i Brasilien), d. 2. januar 2021.^[65][66]

Oversigt

First detection		Klassificering (Rambaut et al.)	Andre navne	Notable mutationer					Ref.
Sted	Dato
Nigeria	000000002020-08-01-0000aug 2020	B.1.1.207		P681H					[2]
Storbritannien	000000002020-09-01-0000sep 2020	B.1.1.7	VOC-202012/01, 20I/501Y.V1	N501Y, 69–70del, P681H					[2][67][68][69]
Danmark	000000002020-10-01-0000okt 2020	B1.1.298	Cluster 5, ΔFVI-spike (SSI), Covid-19-minkvarianter, DCGC-3024/2020, en af fem danske mink-varianter (cluster1-5)	Y453F, I692V, M12291I, 69–70deltaHV					[24][26][27]
Sydafrika	000000002020-12-01-0000dec 2020	B.1.351	501.V2, 20H/501Y.V2, VOC-202012/02	N501Y, K417N, E484K					[2][50][70][67][71][72][73]
Storbritannien  Nigeria	000000002020-12-01-0000dec 2020	B.1.525	VUI-202102/03 (PHE), tidligere UK1188	E484K, F888L					[70][62][59]
USA	000000002021-01-01-0000jan 2021	B.1.429	Q677H, S:Q677H, 677, Q677, B.1.429+S:Q677H[74]						[75][76][77]
Japan  Brasilien	000000002021-01-01-0000jan 2021	P.1	Stammer fra B.1.1.28	N501Y, E484K, K417T					[78][79][65][80][67]
USA	000000002021-03-01-0000mar 2021	Q677P	677 eller Q677P stammer fra B.1.429[81][82]	“Pelican”, “Robin” (Robin 1, Robin 2), “Yellowhammer”, ”Bluebird”, ”Quail” og “Mockingbird”[83]					[84][76][85]
Storbritannien	000000002021-04-01-0000apr 2021	B.1.1.7	B1.1.7, “Cluster B117”						[86][62][87]
USA	000000002021-03-01-0000mar 2021 000000002021-04-01-0000apr 2021	B1.526	526	B1 (526-537) (STJ72853), P.1; P.2.					[88][76][89]

WHO navngivning af varianter

I nyhedsmedierne blev flere varianter navngivet efter det land, som varianten først blev konstateret i, for eksempel den "britiske variant" eller "engelske variant" for (B.1.1.7) og senere blandt andre også en "sydafrikansk" (B.1.351) og en "indisk" (B.1.617.2). Den Indiske regering beklagede i maj 2021, at mutationer fik landenavne. Den 31. maj besluttede WHO at mutationerne i stedet skulle benævnes med bogstaver fra det græske alfabet, således kom den "britiske variant" til af hedde "alpha", den "sydafrikanske variant" blev til "beta" og den "indiske variant" benævnt som "delta".^[90]

Missense-mutationer:

• D614G: En af de betydelige ændringer i SARS-CoV-2-genomet under COVID-19-pandemien forekom i receptorbindingsdomænet, nærmere bestemt spike-proteinets D614G-mutation. D614-varianten dominerede oprindeligt men blev udkonkurreret af G614-varianten.^[91]

• E484K^{[72][65][92][93]}, mutationen dannes på spike-proteinet på overfladen af virusset. Denne ændringen findes hos den [såkaldte] sydafrikanske variant og hos den [såkaldte] brasilianske variant, skriver medierne.^[94]

• N501Y^{[72][95][65][96][97]}

• S477G/N^{[98][99][100][101][102]}

• P681H^[103][104]

• ACE2
• mRNA-vaccine

• Wikimedia Commons har flere filer relateret til SARS-CoV-2

Fodnotefejl: <ref>-tags eksisterer for en gruppe betegnet "lower-alpha", men der blev ikke fundet et tilsvarende {{reflist|group="lower-alpha"}}, eller et afsluttende </ref>-tag mangler