Sars-CoV-2

Inndelingen følger Catalogue of Life Checklist versjon 2022-06-23^[9] og International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).^[10]

• Virus (urangert takson)
  • Riboviria (overrike)
    • Orthornavirae (rike)
      • Pisuviricota (rekke)
        • Pisoniviricetes (klasse)
          • Nidovirales (orden)
            • Cornidovirineae (underorden)
              • Coronaviridae (familie)
                • Orthocoronavirinae (underfamilie)
                  • Betacoronavirus (slekt)
                    • Sarbecovirus (underslekt)
                      • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-CoV) (art)
                        • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1 (SARS-CoV-1)
                        • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
                        • Bat SARS-like coronavirus WIV1
                        • Bat coronavirus RaTG13

11. februar 2020 ga ICTV viruset det offisielle navnet «severe acute respiratory syndrome coronavirus 2» (SARS-CoV-2), basert på retningslinjer for navngiving av nye virus.^[1] Sykdommen fikk navnet «covid-19», satt sammen av ordene «coronavirus» og «disease», da virusutbruddet ble kjent mot slutten av 2019.^[11]

22. januar 2020 utga Journal of Medical Virology en rapport med en genom-analyse, som vurderer at slanger i Wuhan-området er «the most probable wildlife animal reservoir» for viruset, men mer forskning kreves.^[12][13] En homolog rekombinasjonshendelse kan ha blandet en «clade A» (flaggermus SARS-lignende virus CoVZC45 og CoVZXC21) virus med RNA-binding domain av et tidligere ukjent Beta-CoV.^[14][15]

Prøver av virus (RaTG13) fra flaggermusen "Rhinolophus sinicus" samsvarer 96% med SARS-CoV-2, og virus fra skjelldyr samsvarer 92%.^[16][17] Viruset fra flaggermus mangler en type binding (RBD) som gjør at smitte til menneske er usannsynlig, mens skjelldyr-viruset har denne bindingen.^[18][19] Katter og ildere kan også smittes av virus med denne bindingen. Det ble derfor antatt at SARS-CoV-2 enten er en kombinasjon av disse to virusene, eller at skjelldyrviruset er det som har smittet videre til mennesket via en annen kilde. ^[18][19] I februar 2021 viste en studie at flaggermus og skjelldyr i Thailand også hadde varianter av nesten samme virus (RacCS203), noe som gjør det sannsynlig at flaggermus andre steder kan ha andre varianter, og at flaggermus fra hvor som helst i regionen kan være opphav til viruset som har smittet mennesker. ^[20][21][22] I mars 2021 uttalte medlem i WHOs etterforskningsgruppe, Peter Daszak, at gårder sør i Kina som driver oppdrett av ville dyr sannsynligvis er opphavet til viruset. ^[23]

10. oktober 2022 publiserte et internasjonalt ekspertpanel, der bl.a. Carlos das Neves fra det norske Veterinærinstituttet var med, en rapport som viser at det er svært sannsynlig at viruset kom fra et dyr og ikke fra et laboratorium. ^[24] Ekspertene mener at viruset har gått fra flaggermus til andre dyr og at handel med ville dyr gjorde at viruset kom til Huanan-markedet i Wuhan i 2019.^[25][26] I mars 2023 ble det klart at nye analyser av data fra 2020 viste at det fantes DNA fra mårhund i prøver man tidligere mente kom bare fra mennesker. Dette betyr ikke at viruset kom fra mårhund, men viser at dyr som kan være smittebærere ble solgt på markedet i Wuhan.^[27]

Virus fra laboratorium

Donald Trump hevdet på en pressekonferanse 30. april 2020 at viruset kom fra et laboratorium i Wuhan. Mike Pompeo hevdet like etter at de hadde "enorme bevis" for at det var tilfelle, uten å klargjøre hva slags bevis.^[29] Medisinske eksperter, bl.a. Anthony Fauci^[30] mente da at viruset ikke er genetisk modifisert.^[31][32][33] Virologen Li-Meng Yan, som forsket i Hong-Kong, har uttalt til Stephen Bannon, at viruset kommer fra et militært laboratorium. Det er en påstand som ikke er dokumentert. ^[34] WHO gjorde undersøkelser i Wuhan i begynnelsen av 2021 og lederen for undersøkelsene, Peter Ben Embarek, uttalte at laboratoriehypotesen var ekstremt usannsynlig.^[35][36] WHO fant ut at det eksisterte 13 mutasjoner allerede i desember 2019, noe som antyder at viruset var mer utbredt enn tidligere antatt. ^[37] Etter dette har flere eksperter uttalt at laboratorium-teorien er politisk motivert, ikke vitenskapelig, ^[38] mens enkelte amerikanske politikere, basert på offentliggjorte etteretningsrapporter, hevder at viruset kan ha kommet instituttet for virologi i Wuhan. ^[39] Ekspertrapporten publisert i Science i oktober 2022 anser lab-teorien som usannsynlig. ^[25] Leder for FBI Christopher Wray sa 28. februar 2023 til Fox News Channel at FBI antok an ulykke på et laboratorium som den mest sannsynlige opprinnelsen til viruset. ^[40][41]

Isolaten Wuhan-Hu-1 (GenBank-nummer MN908947^[28]) av SARS-CoV-2 viser store fylogenetiske likheter med to koronavirus-isolater fra den kinesiske flaggermusen, som ble kartlagt i 2015 og 2017.^[42] Isolatens virusgenom omfatter 29,875 bp med 281 bp henholdsvis 325 bp lange uoversatte områder ved 5'enden og henholdsvis 3'enden. De antatte kodingsregionene er delt inn i 10 proteiner: en 7096 lang aminosyre (AS) ORF1ab-polyproteinet, en 1282 AS lang overflate-glykoprotein (S), et 75 AS konvoluttprotein (E), 222 AS membranglykoproteinet (M), en 419 AS nukleokapsid-fosfoprotein og ytterligere 5 proteiner (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF8 og ORF10). Disse utgjør ettervirkningen i SARS-viruset og alle coronavirus.^[43]

Mutasjoner

SARS-CoV-2 ser ut til å mutere hyppig. En studie fra Island fant 40 forskjellige varianter av viruset, der de fleste mutasjonene var uten noen effekt.^[44][45] En person hadde både et virus fra Italia/Østerrike og en egen islandsk mutasjon, og bare den islandske mutasjonen smittet videre til andre.^[46] Tidlig viste en kinesisk studie ^[47] at det fantes minst to varianter av SARS-CoV-2. Den mest smittsomme av de to kom til Europa, men selv om viruset endrer seg hver 14. dag, så er det små mutasjoner som ikke gjør at virusets egenskaper endrer seg. ^[44] Det var sommeren 2020 oppdaget egne mutasjoner av SARS-CoV-2 i Italia, Østerrike, Danmark, Storbritannia, USA og Island ^[46] og i USA var minst 14 mutasjoner oppdaget. ^[48] En artikkel fra 21. februar 2020 viste at viruset hadde mutert 93 forskjellige steder på genomet.^[49] 4. mai 2020 var det klart at mutasjoner har skjedd på minst 198 plasser i genomet. ^[50] Per oktober 2020 var to muterte varianter av viruset funnet i Norge. En variant (S477N) smittet flere på busstur og en variant fra Trondheim (N439K) antas å smitte mer og gi symptomer raskere. ^[51] Metoden helgenomsekvensering brukes for å avdekke hvilken variant av viruset prøvene er fra.^[52] I Danmark ble en variant som smittet mellom mink og mellom mink og mennesker (Y453F) funnet i november 2020. ^[53][54][55]

Allerede 5. mars 2020 ble det offentliggjort at viruset hadde mutert, og eksisterer i to utgaver, en S-versjon som gir milde symptomer, og en L-versjon som spres fortere og gjør folk mer syke. ^[56] Etter et år var flere mutasjoner oppdaget og fem varianter ble fulgt ekstra nøye, B.1.1.7 fra Storbritannia , B.1.351 fra Sør-Afrika, B.1.427 og B.1.429 fra California, og P.1 fra Japan/Brasil. ^[57] I desember 2020 ble en mutasjon senere kalt B.1.617 identifisert i India. Denne mutasjonen er sannsynlig årsak til en kraftig smitteøkning i India i april 2021. ^[58][59] I slutten av mai 2021 innførte WHO et navnesystem for mutasjoner basert på greske bokstaver, for slik å unngå de uheldige effektene av at landet som først oppdager viruset får det navngitt etter seg.

• Koronavirusmutasjon Alfa,^[60] også kalt Lineage B.1.1.7 eller 20I/501Y.V1 og VOC-202012/01,^[61][62] ble oppdaget i Storbritannia i oktober 2020 fra en sekvensert virusprøve fra september,^[63] og begynte å spre seg bredt i midten av desember. Varianten syntes også å korrelere med den betydelige økningen av bekreftede sykdomstilfeller i England. Denne økningen antas delvis å skyldes at mutasjonen av N501Y inne i virusmembranens proteiners reseptorbindende domene som trenges for å bindes til ACE2 hos menneskets celler. Den 21. januar 2021 ble varianten påvist i Nordre Follo kommune.^[64] Varianten spres mer enn 50% fortere og kan gi et mer alvorlig forløp av covid-19. ^[65] I slutten av april 2021 var B.1.1.7-varianten dominerende i alle Norges fylker.^[66]

• Variant Beta,^[60] en mutasjon også kalt Variant 501.V2, ble oppdaget i Sør-Afrika av landets folkehelsemyndighet den 18. desember 2020.^[67][68][69] Varianten forekommer først og fremst hos yngre mennesker uten underliggende sykdommer og fører til et mer alvorlig sykdomsforløp.^[70] Den sørafrikanske folkehelsemyndigheten indikerte også at denne varianten spres mye mer aggressivt enn tidligere varianter. Varianten inneholder flere mutasjoner som gjør at den lettere fester seg på menneskets celler, dette på grunn av tre mutasjoner inne i virusmembranens proteiners reseptorbindende domene som trenges for å bindas til ACE2 i menneskets celler.^[71] Den 3. februar 2021 ble denne varianten påvist i Bergen.^[72] Vaksinen til Johnson & Johnson viste seg å være mindre effektiv i Sør-Afrika enn andre steder, noe som antas å være fordi vaksine mot denne virusmutasjonen er mindre effektivt. ^[73] I april 2021 var viruset spredt lokalt i Viken, Nordland og Rogaland.^[66]

• Variant Gamma,^[60] Lineage P.1 ble oppdaget av Det nasjonale institutt for smittsomme sykdommer (NIID) i Japan den 6. januar 2021 i fire personer som var ankommet til Tokyo etter å ha besøkt delstaten Amazonas i Brasil fire dager tidligere.^[74][75] Denne versjonen er vanskeligere å behandle og vaksinene er ikke like effektive. ^[57] I april 2021 var viruset identifisert i Viken og Vestland.^[66]
• Variant Delta,^[60] "dobbeltmutanten" B.1.617, som spredte seg raskt i India i første del av 2021, inneholder flere mutasjoner, blant annet P681R, E484Q og L452R. ^[76] E484Q ligner E484K-mutasjonen som har gjort den britiske mutasjonen mer smittsom, mens L452R har gjort at viruset i California lettere kommer inn i cellene.^[77] Kombinasjonen ser ut til å gi en variant som er lettere å spre, som utvikler seg raskere og unngår antistoffer. ^[76][78] Antistoffet bamlanivimab virker ikke mot B.1.617, ifølge en forhåndspublisering av en studie fra mai 2021. ^[79] Deltavarianten anslås å være dobbelt så smittsom som det opprinnelige SARS-CoV-2, og hver smittet kan smitte opp til 10 personer, og er like smittsomt som vannkopper. ^[80][81]

De fire første mutasjonene ble i mai 2021 klassifisert som bekymringsfulle, mens de neste fortløpende ble ansett som "interessante".^[60]

• Variant Epsilon, mutasjonene B.1.427 og B.1.429 (20C/S:452R og 20C/S:452R), som ble oppdaget i California, både spres litt fortere (20%)^[82] og vaksinene er litt mindre effektive. ^[57]
• Variant Zeta ble oppdaget i Brasil i april 2020 og klassifisert i mars 2021.
• Variant Eta ble funnet i flere land, bl.a. Nigeria og Storbritannia i desember 2020 og klassifisert i mars 2021.
• Variant Theta ble oppdaget på Filippinene i januar 2020, og klassifisert i mars 2021.
• Variant Iota ble oppdaget i USA i november 2020, og klassifisert i mars 2021.
• Variant Kappa ble oppdaget i India samtidig som variant Delta, og ble og klassifisert i april 2021. Denne varianten førte til spredning av Covid-19 i delstaten Victoria i Australia tidlig i juni 2021.^[83][84]
• Variant Lambda ble oppdaget i Peru i august 2020 og ble satt på WHOs overvåkingsliste 14. juni 2021. ^[85]
• Variant My ble oppdaget i Colombia i januar 2021 og ble satt på WHO's overvåkingsliste 30. august 2021.^[86]
• Variant Omikron ble oppdaget i Sør-Afrika i november 2021 som B.1.1.529.^[87][88] Denne varianten har uvanlig mange mutasjoner^[89] og smitter også vaksinerte.^[90] EU vurderte 2. desember 2021 risikoen som følge av omikron som høy til svært høy.^[90] 1. desember ble varianten også oppdaget i Norge.^[91] FHI sa 13. desember 2021 at "Manglende handling nå kan gi store negative effekter for samfunnet, ikke bare for helsetjenestene i sykehus og kommuner." ^[92] Fra 15. desember 2021 innførte regjeringen nye nasjonale tiltak for å begrense viruset. ^[93] I juni 2022 var Omikron BA.5 den klart dominerende varianten av coronavirus i Norge. ^[94] I 2023 var XBB.1.5 "Kraken" og EG.5 "Eris" de mest spredte. ^[95]

SARS-CoV-2 spres ved dråpesmitte, og finnes i små dråper som kommer ut gjennom munnen og nesen når en person som er smittet hoster eller nyser.^[96] Viruset kan overleve i aerosoler og være smittsomt i opp til 3 timer^[97] og fører til at viruset smitter lettere innendørs.^[98] Hjerte-lungeredning og manuell ventilering kan produsere aerosoler, og helsepersonell er ekstra utsatt.^[99] Reproduksjonstallet for viruset bl først anslått til mellom 1,4 og 2,5.^[100] Senere studier viser at tallet kan være 3,28 eller så høyt som 5,7 ^[101][100], der viruset sprer seg fortere hvor folk lever tett. På skipet Diamond Princess spredte viruset seg 4 ganger raskere enn i Wuhan, men isolasjon og karantene reduserte reproduksjonstallet til 1,78.^[102] På regjeringens pressekonferanse om pandemien 6. april sa Kamilla Stoltenberg at reproduksjonstallet i Norge, etter at omfattende tiltak hadde vært iverksatt siden 16. mars, var nede i ca 0,71 (konfidensintervall 0,45 til 1,00). ^[103] 4. mai var det effektive reproduksjonstallet anslått til 0,63. ^[104] I oktober var tallet 1,19 og i november 1,65. ^[105] Ved årsskiftet lå reproduksjonstallet på 1,2 ^[106] og falt til 0,9 i begynnelsen av februar før tallet økte til 1,3 i slutten av februar. ^[107][108]

SARS-CoV-2 ser ut til å kopiere seg selv tre ganger raskere enn SARS-CoV, og rekker derfor å spre seg mellom personer før immunresponsen fører til symptomer på sykdom. ^[109]

En kinesisk studie fra mai 2020 har vist at viruset spres mer når lufttemperaturen er mellom 5 og 15 grader C, og det antas økt spredning når temperaturen er i dette området. ^[110]

Land der bruk av munnbind har vært pålagt har hatt vesentlig mindre smittespredning enn andre land, og utbredt bruk av munnbind reduserer spredningen av viruset.^[109] WHO vektlegger at munnbind alene ikke er tilstrekkelig, og at manglende tilgjengelighet på munnbind gjør at kun de som omgås smittede eller viser symptomer bør bruke maske. ^[111]

Smitte mellom dyr og mennesker

Noen dyr kan bli smittet av SARS–CoV–2, mens det ikke er mistanke om at dyr kan smitte mennesker.^[112] Katter kan får viruset og det kan smitte mellom katter,^[113] men kattene blir ikke særlig syke av viruset. I Bronx zoo ble SARS-CoV-2 påvist hos en tiger etter at en dyrepasser hadde testet positivt for viruset. Ilder kan også få viruset, mens hund, gris og fjørfe ikke ser ut til å kunne motta smitten. Hunder utsatt for viruset har hatt virus-RNA i avføringen uten å ha spor etter aktive virus.^[113]Viruset ble først antatt å komme fra skjelldyr som følge av en misforståelse. Virus fra skjelldyr deler ca 92% av arvestoffet med SARS-CoV-2. Flaggermus har et virus som er 96% likt viruset hos mennesker, men også dette er for forskjellig til å forklare direkte smitte, og forskere antar at SARS-CoV-2 kan ha kommet fra flaggermus via en annen vert til mennesker. Viruset SARS-CoV, som kan gi SARS hadde 99,6% felles arvestoff med et virus funnet hos sibetkatter, og smittet mellom menneske og katt, mens det ikke er bevist smitte andre veien.^{[114][115][116]}

En mutert variant av koronaviruset har begynt å spre seg blant mink i Danmark og det er konstatert koronasmitte på 207 minkfarmer per november 2020. Viruset har også smittet videre fra mink til menneske. Myndighetene i landet har bestemt at all mink i landet avlives for å stanse spredningen. Også i Nederland og Spania har det vært eksempler på koronasmitte på minkfarmer.^[117]

Smitte fra overflater

Tidlige tester antydet at SARS-CoV-2 kunne holde seg i luften opp til 3 timer, og kan være på overflater i opp til 72 timer på plast og metall. ^[118] Flere studier i tiden etter viste at viruset, i gunstige omgivelser, kan overleve lenger ^[119], og ifølge en australsk studie så lenge som 28 dager på stål og pengesedler. ^[120] I praksis er likevel mengden virus en smittet vil spre til en flate så mye lavere enn i laboratorieforsøkene at viruset kun vil virke bare i et par timer,^[121] og en studie fra et stort sykehus i Italia konkluderte med at smitte fra overflater var svært usannsynlig.^[122]

Vanlig influensavirus varer opp til 48 timer på overflater. Klor, sprit, og vanlige vaskemidler er effektive mot virus på overflater.^[123]Amerikanske EPA la i mars 2020 ut en liste med ca 350 typer vaskemidler som inaktiverer SARS-CoV-2. ^[124]

Inkubasjonstiden antas av WHO å være 5–6 dager, men den kan variere fra 0 til 14 dager,^[125] og viruset kan smitte i denne tiden.^[126]

Inkubasjonstid er den tiden det tar fra man blir smittet til man viser symptomer på sykdommen. Inkubasjonstiden varierer fra person til person.

Forskere ved University of Queensland i Australia har blitt forespurt om å fremstille en vaksine på rekordtid innen seks måneder, og sier de håper det vil være mulig ved hjelp av nylig utviklet teknologi.^[127] Forskere i Hong Kong meldte 28. januar 2020 at de hadde utviklet en vaksine mot det dødelige koronaviruset - men ville trenge lang tid for å teste det, ifølge professor Yuen Kwok-yung som er styreleder for smittsomme sykdommer ved University of Hong Kong.^[128] 16. mars 2020 begynte de første testene av en vaksine mot covid-19 på mennesker i USA. ^[129][130] I september 2020 pauset AstraZeneca sitt vaksineforsøk etter at en testperson fikk transvers myelitt,^[131][132] men pausen varte bare noen dager. ^[133] 8. desember 2020 ble den første dosen satt i Storbritannia som del av et massevaksineringsprogram.^[134] 27. desember 2020 ble den første vaksinedosen satt i Norge.^[135] Begge disse var med vaksinen Pfizer/BioNTech: BNT162. Andre godkjente vaksiner i EU er Moderna mRNA-1273, Oxford/AstraZeneca: AZD1222 og Janssen Ad26.COV2.S (fra Johnson & Johnson-konsernet).^[136]

• SARS-CoV
• MERS-CoV

• (en) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 i Encyclopedia of Life
• (en) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 hos NCBI
• (en) Kategori:SARS-CoV-2 – bilder, video eller lyd på Wikimedia Commons
• Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 – detaljert informasjon på Wikispecies
• (nb) Koronavirussykdom - FHI