Varian SARS-CoV-2
Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2), virus penyebab penyakit koronavirus 2019 (Covid-19), memiliki banyak varian; beberapa di antaranya diyakini cukup penting. Artikel ini membahas varian-varian penting dari SARS-CoV-2 dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.
Gambaran umum
Kemunculan SARS-CoV-2 bisa saja berasal dari peristiwa rekombinasi genetika antara koronavirus-mirip-SARS pada kelelawar dan tenggiling melalui transmisi lintas spesies.[1] Mutasi memainkan peranan yang penting pada evolusi dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru.[2]
Varian SARS-CoV-2 yang diwaspadai mampu bermutasi sehingga mereka dapat terus menyebar terhadap peningkatan kekebalan kelompok sembari menjaga laju replikasi.[3]
Tabel berikut menampilkan informasi dan tingkat risiko relatif[4] untuk varian yang diwaspadai (VOC).[a] Interval yang ditampilkan menganggap tingkat kepercayaan 95%, kecuali dinyatakan lain. Saat ini, semua taksiran adalah pendekatan karena keterbatasan data untuk penelitian. Untuk Alpha, Beta, Gamma, dan Delta, tidak ada perubahan dalam akurasi tes.[8][13]
| Identitas[13] | Kemunculan | Perubahan terhadap varian yang sebelumnya ada pada waktu dan tempat kemunculan | Kegiatan antibodi penetral (atau efikasi bila ada) | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Label WHO | Garis keturunan Pangolin | Varian PHE | Klad Nextstrain | KLB pertama | Sampel paling awal | VOC yang ditunjuk | Mutasi terkenal | Penularan | Butuh rawat inap | Mortalitas | Dari infeksi alami[B] | Dari vaksinasi | |
| Alpha | B.1.1.7 | VOC‑20DEC‑01 | 20I (V1) | Britania Raya | 20 Sep 2020 | 18 Des 2020 | 69–70hapus, N501Y, P681H | +29% (24–33%) | +52% (47–57%) | +59% (44–74%) Tingkat fatalitas kasus 0,06% untuk kelompok usia < 50, 4,8% untuk kelompok usia > 50[21] | Pengurangan minimal | Pengurangan minimal | |
| B.1.1.7 dengan E484K | VOC‑21FEB‑02 | 26 Jan 2021 | 5 Feb 2021 | E484K, 69–70hapus, N501Y, P681H[17][24] | Sangat berkurang | Sangat berkurang | |||||||
| Beta | B.1.351 | VOC‑20DEC‑02 | 20H (V2) | Afrika Selatan | Mei 2020 | 14 Jan 2021 | K417N, E484K, N501Y | +25% (20–30%) | Dalam investigasi | Kemungkinan meningkat | Berkurang, tetapi respons sel T akibat D614G tetap efektif | Efikasi: berkurang terhadap penyakit bergejala,[F] tetap terhadap gejala berat | |
| Gamma | P.1 | VOC‑21JAN‑02 | 20J (V3) | Brasil | Nov 2020 | 15 Jan 2021 | K417T, E484K, N501Y | +38% (29–48%) | Kemungkinan meningkat | +50% (CrI 50%, 20–90%) | Berkurang | Tetap untuk sebagian | |
| Delta | B.1.617.2 | VOC‑21APR‑02 | 21A | India | Okt 2020 | 6 Mei 2021 | L452R, T478K, P681R | +97% (76–117%) | +85% (39–147%) relatif terhadap Alpha | +137% (50–230%) Tingkat fatalitas kasus 0,04% untuk kelompok usia < 50 yang belum divaksinasi, 6,5% untuk kelompok usia > 50 yang belum divaksinasi[21] | Terjadi infeksi ulang dengan laju kemunculan yang lebih kecil daripada infeksi kepada yang divaksinasi | Pengurangan efikasi untuk gejala tak berat | |
Legenda: Risiko sangat tinggi Risiko tinggi Risiko menengah Risiko rendah Risiko tak diketahui
Catatan kaki
Penamaan
| Garis keturunan Pango[39] | Catatan untuk Pangolin[40] | Klad Nextstrain,[41] 2021[42] | Klad GISAID | Varian tercatat |
|---|---|---|---|---|
| A.1–A.6 | 19B | S | Berisi "deret urut acuan" WIV04/2019[43] | |
| B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 | 19A | L | ||
| O[b] | ||||
| B.2 | V | |||
| B.1 | B.1.5–B.1.72 | 20A | G | Garis keturunan B.1 dalam sistem penamaan Pangolin, termasuk Delta/ |
| B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 | GH | |||
| B.1.3–B.1.66 | 20C | Termasuk Epsilon/ | ||
| 20G | Banyak di AS, Feb '21[45] | |||
| 20H | Termasuk Beta/ | |||
| B.1.1 | 20B | GR | Termasuk B.1.1.207[butuh rujukan] | |
| 20D | ||||
| 20J | Termasuk Gamma/ | |||
| 20F | ||||
| 20I | Termasuk Alpha/ | |||
| B.1.177 | 20E (EU1)[42] | GV[b] | Turunan dari 20A[42] |
Varian SARS-CoV-2 dikelompokkan berdasarkan garis keturunan dan mutasi komponennya.[47] Namun, per Juli 2021, belum ada penamaan yang konsisten untuk varian-varian ini.[48] Banyak organisasi, termasuk pemerintah dan surat kabar, merujuknya dengan tempat pertama kali varian itu ditemukan.[49][50]
Setelah membahas berbulan-bulan, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan nama-nama dari huruf Yunani untuk galur penting pada 31 Mei 2021[51] agar tiap varian bisa dirujuk dengan mudah tanpa menimbulkan stigma.[52][53] Keputusan ini juga menimbang kritikan dari negara-negara terhadap penggunaan nama negara untuk merujuk varian; WHO menyinggung potensi munculnya stigma akibat penggunaan nama negara.[54]
Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2,[55] varian-varian ini bisa dikelompokkan menjadi garis keturunan atau klad. Beberapa penamaan klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.[c]
- Per Januari 2021, GISAID—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi delapan klad (S, O, L, V, G, GH, GR, dan GV).[56]
- Per Juni 2021, Nextstrain (Hadfield dkk.) mengidentifikasi tiga belas klad (19A–19B, 20A–20J, dan 21A).[57]
- Per Agustus 2021, Pangolin (Rambaut dkk.) telah membuat 1.340 garis keturunan.[58][59]
- Dalam artikel tahun 2020 di International Journal of Infectious Diseases, Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G614, S84, V251, I378, dan D392).
Tiap badan penelitian dan pengembangan kesehatan juga bisa membuat sistem penamaan sendiri untuk melacak varian tertentu. Misalnya, Badan Kesehatan Masyarakat Inggris menamai tiap varian berdasarkan tahun, bulan, dan nomor dalam format [TT] [BBB]-[NN] dengan awalan "VUI" (variant under investigation) atau "VOC" (variant of concern).[7]
Deret urutan rujukan
Karena pasien nol penyakit ini belum diketahui, pilihan deret urutan acuan bersifat sebarang, antara lain sebagai berikut:
- Deret urutan pertama, Wuhan-1, diambil pada 24 Desember 2019.[60]
- Salah satu kelompok (Sudhir Kumar dkk.)[60] merujuk kepada genom acuan NCBI (GenBankID: NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125).[61] Sampel ini diambil pada 26 Desember 2019.[62] Meski demikian, mereka juga memakai genom acuan GISAID WIV04 (ID: EPI_ISL_402124)[63] dalam analisis mereka.[64]
- Menurut sumber lainnya (Zhukova dkk.), deret urutan WIV04/2019 yang termasuk klad S GISAID, garis keturunan A Pangolin, dan klad 19B Nextstrain kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan, khususnya yang bekerja sama dengan GISAID.[43] Sampel ini diambil pada 30 Desember 2019.[65]
Kriteria pencatatan
Pada umumnya, virus mengalami mutasi sepanjang waktu sehingga muncul varian-varian baru. Ketika varian baru tampak berkembang dalam suatu populasi, ia dapat ditandai sebagai "varian yang sedang muncul". Untuk kasus SARS-CoV-2, garis keturunan baru sering berbeda satu sama lain hanya pada beberapa nukleotida.[47]
Beberapa potensi dampak dari varian yang baru muncul adalah sebagai berikut:[17][66]
- Peningkatan kemampuan penularan
- Peningkatan morbiditas
- Peningkatan mortalitas
- Kemampuan menghindari deteksi uji diagnostik
- Penurunan kerentanan terhadap obat antivirus (bila sudah ada)
- Penurunan kerentanan terhadap antibodi penetral, baik terapeutik (misal plasma konvalesen atau antibodi monoklonal) maupun dalam laboratorium
- Kemampuan menghindari kekebalan alami (misal infeksi ulang)
- Kemampuan menyerang orang yang telah divaksinasi
- Peningkatan risiko keadaan tertentu, seperti gejala peradangan multisistem atau Covid-19 jangka panjang
- Peningkatan daya tarik untuk demografi atau kelompok klinis tertentu, misal anak-anak atau orang luluh imun
Varian yang tampak memenuhi setidaknya salah satu kriteria di atas dapat ditandai sebagai calon "varian dalam investigasi" atau "varian yang diperhatikan" untuk dipastikan dan disahkan. Ciri utama varian yang diperhatikan adalah peningkatan proporsi klaster baru. Namun, ia juga harus memiliki prevalensi atau perluasan skala nasional yang terbatas; kalau skalanya lebih luas, ia bisa dinaikkan menjadi "varian yang diwaspadai".[7][67]
Varian yang diwaspadai (WHO)
Berikut adalah varian yang diwaspadai (variants of concern/VOC) yang saat ini dinyatakan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[5]
Alpha (garis keturunan B.1.1.7)
Garis keturunan B.1.1.7,[68] disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),[69] sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama pandemi Covid-19 di Britania Raya dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.[70] Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.[71][72] Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi Covid-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi N501Y. Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[73][74][75]
Beta (garis keturunan B.1.351)
Varian 501.V2, disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,[76] pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.[77] Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa prevalensi varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.[78][79] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua pandemi Covid-19 di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.[77][78]
Gamma (garis keturunan P.1)
Delta (garis Keturunan B.1.617.2)
Varian Delta SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai B.1.617.2,[d] adalah sebuah varian SARS-CoV-2 bergaris keturunan B.1.617, virus yang menyebabkan Covid-19.[81] Varian tersebut dinamai varian Delta oleh WHO melalui sistem penamaan baru yang diperkenalkan pada 31 Mei 2021.[82] Varian tersebut pertama kali terdeteksi di India pada akhir 2020.[83][84]
Varian ini bertanggung jawab terhadap sebagian peningkatan kasus pada gelombang kedua pandemi di India yang dimulai sejak Februari 2021.[85][86][87]
Varian yang diperhatikan (WHO)
Berikut adalah varian yang diperhatikan (variants of interest/VOI) yang saat ini dinyatakan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[5]
Lambda (garis keturunan C.37)
Mu (garis keturunan B.1.621)
Varian yang diperhatikan sebelumnya
Epsilon (garis keturunan B.1.429, B.1.427, CAL.20C)
Zeta (garis keturunan P.2)
Eta (garis keturunan B.1.525)
Theta (garis keturunan P.3)
Iota (garis keturunan B.1.526)
Kappa (garis keturunan B.1.617.1)
Varian dalam pengawasan (WHO)
Varian dalam pengawasan (variants under monitoring/VUM) adalah varian yang memiliki perubahan genetik yang diduga memengaruhi karakteristik virus dan tanda-tanda risiko pada masa depan, tetapi tanpa bukti fenotipe dan epidemiologi yang cukup, sehingga membutuhkan pengawasan yang lebih dan penilaian berulang setelah penemuan bukti baru.[5]
| Garis keturunan Pango | Klad GISAID | Klad Nextstrain | Sampel paling awal | Tanggal penamaan | Catatan |
|---|---|---|---|---|---|
| R.1 | GR | 01-2021 | 07-04-2021 | ||
| B.1.466.2 | GH | 11-2020 | 28-04-2021 | Pertama kali ditemukan di Indonesia. | |
| B.1.1.318 | GR | 01-2021 | 02-06-2021 | ||
| B.1.1.519 | GR | 20B/S.732A | 11-2020 | 02-06-2021 | |
| C.36.3 | GR | 01-2021 | 16-06-2021 | ||
| B.1.214.2 | G | 11-2020 | 30-06-2021 | ||
| B.1.427 B.1.429 | GH/452R.V1 | 21C | 03-2020 | 06-07-2021 | Varian Epsilon. Pertama kali ditemukan di Amerika Serikat. |
| B.1.1.523 | GR | 05-2020 | 14-07-2021 | ||
| B.1.619 | G | 05-2020 | 14-07-2021 | ||
| B.1.620 | G | 20A/S.126A | 11-2020 | 14-07-2021 | |
| C.1.2 | GR | 05-2021 | 01-09-2021 | Pertama kali ditemukan di Afrika Selatan. | |
| B.1.617.1 | G/452R.V3 | 21B | 10-2020 | 20-09-2021 | Varian Kappa. Pertama kali ditemukan di India. |
| B.1.526 | GH/253G.V1 | 21F | 11-2020 | 20-09-2021 | Varian Iota. Pertama kali ditemukan di Amerika Serikat. |
| B.1.525 | G/484K.V3 | 21D | 12-2020 | 20-09-2021 | Varian Eta. |
| B.1.630 | GH | 03-2021 | 12-10-2021 | Pertama kali ditemukan di Republik Dominika. |
Mutasi penting
N439K
Mutasi N439K berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 439.[88][89] Mutasi ini diyakini pertama kali ditemukan pada musim semi tahun 2020 di Skotlandia.[90] Mutasi ini menghilang selama pembatasan sosial di negara tersebut. Namun, mutasi ini ditemukan pula di Rumania, Norwegia, Swiss, Irlandia, Belgia, Jerman, dan Britania Raya.[91] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan November 2020.[92][93]
E484K
Mutasi E484K berarti perubahan dari asam glutamat (E) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 484.[94] Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari sistem kekebalan tubuh inangnya,[95][96] dari setidaknya satu bentuk antibodi monoklonal terhadap SARS-CoV-2.[97] Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 (Jepang dan Manaus),[98] garis keturunan P.2 (Brazil, juga dikenal dengan B.1.1.248),[99] dan varian 501.V2 (Afrika Selatan).[97] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan Februari 2021.[100][101]
N501Y
Mutasi N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[102] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[69] Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 (Jepang dan Brazil),[97][98] Variant of Concern 202012/01 (Britania Raya), 501.V2 (Afrika Selatan), dan COH.20G/501Y (Columbus, Ohio).
Penyebaran lintas spesies
Cluster 5
Cluster 5, juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh State Serum Institute (SSI) Denmark, ditemukan di Jutlandia Utara, Denmark, dan diyakini telah menyebar dari mink ke manusia melalui peternakan bulu. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan nasional atau internasional terhadap pandemi Covid-19.[103]
Lihat pula
- RaTG13, kerabat terdekat kedua dari SARS-CoV-2
- Pencegahan pandemi#Deteksi dan prediksi patogen
Catatan
Referensi
Bacaan lebih lanjut
- Krause PR, Fleming TR, Longini IM, Peto R, Briand S, Heymann DL, et al. (Juli 2021). "SARS-CoV-2 Variants and Vaccines". The New England Journal of Medicine. 385 (2): 179–186. doi:10.1056/NEJMsr2105280
. - Corum, J. dan Zimmer, C. (18 Januari 2021). "Inside the B.1.1.7 Coronavirus Variant". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 1 Februari 2021.
Pranala luar
- (Inggris) CoVariants
- (Inggris) Cov-Lineages
- (Inggris) GISAID - hCov19 Variants
