Szczepy SARS-CoV-2
Szczepy SARS-CoV-2 – szczepy wirusa SARS-CoV-2, wywołującego u człowieka chorobę COVID-19, powstałe w wyniku mutacji jego genomu, którym jest pojedyncza nić kwasu rybonukleinowego (RNA). Światowa Organizacja Zdrowia nadaje kolejnym szczepom tego wirusa nazwy liter alfabetu greckiego.
Niektóre szczepy[1] oraz niesione przez nie miejscowe mutacje są obiektem szczególnej troski z uwagi na potencjalny wzrost wirulencji lub śmiertelności względem starszych szczepów wirusa oraz z powodu możliwego spadku skuteczności przeciwciał oraz szczepionek przeciw COVID-19[2][3]. Na początku 2021 roku identyfikowano szereg mutacji podejrzewanych o wzrost zakaźności wirusa, w tym mutację zmiany sensu D614G (Asp614Gly) w obszarze białka szczytowego (glikoproteiny S, tzw. białka kolca) oraz warianty brytyjski (linia B.1.1.7), południowoafrykański (B.1.351) i pochodzący z Brazylii (P.1)[2][4]. Od czerwca 2021 WHO nazywa kluczowe szczepy – dla uproszczenia komunikacji i unikania stygmatyzacji krajów pochodzenia – literami greckiego alfabetu[5]. Dotychczas nie przyjęto jednorodnego dla całego świata nazewnictwa szczepów.
Szczepy szczególnej uwagi (VOC)
- Alfa[a] (linia B.1.1.7[b], pierwotnie VOC-20DEC-01[c]) – zidentyfikowany w Wielkiej Brytanii i oznaczony jako VOC (ang. variant of concern) w grudniu 2020 roku[6]. Szybko rozprzestrzenił się w Europie[7]. Zawiera m.in. mutację N501Y i często E484K[8][9].
- Beta (linia B.1.351, pierwotnie VOC-20DEC-02) – zidentyfikowany w Południowej Afryce i oznaczony jako VOC w grudniu 2020 r. Zawiera m.in. mutacje N501Y i E484K[9].
- Gamma (linia P.1, także B.1.1.28.1, pierwotnie VOC-21JAN-02) – zidentyfikowany w Brazylii (Manaus) i oznaczony jako VOC w styczniu 2021 r. Wykryty 10 stycznia 2021 w Tokio u pasażerów przylatujących z Brazylii. Zawiera m.in. mutacje N501Y i E484K[9][10].
- Delta (linia B.1.617.2, pierwotnie VOC-21APR-02) – zidentyfikowany w Indiach i oznaczony jako VOC w maju 2021 roku[11]. Ma ok. 60% większą zdolność transmisji niż wariant Alfa[12]. Zawiera m.in. mutacje L452R, T478K i P681R, ale nie zawiera mutacji E484Q znanej z wariantu podstawowego tej linii[8].
- Omikron (linia B.1.1.529) – zidentyfikowany w Botswanie i RPA, oznaczony jako VOC w listopadzie 2021 roku[11]. Zawiera niespotykaną dotychczas liczbę 32 mutacji w obrębie białka kolca, m.in. te powiązane z łatwiejszą transmisją[13][14]. Grupa ekspertów WHO (TAG-VE) zakwalifikowała wariant do grupy najwyższego ryzyka, pomimo skromnej wiedzy o jego zakaźności i braku dowodów na cięższy przebieg infekcji[15].