*Настапи и голови само на првенствени натпревари, според податок од 17 јануари 2012 ‡ Настапи и голови за репрезентација, според податок од 17 јануари 2012
Беналјо ја започна својата кариера во тимот од родниот град Грасхопер од Цирих. Уште во неговите тинејџерски години, тој се преселил во Германија и му се приклучил на Штутгарт, но играл исклучиво за резервите за време на неговиот тригодишен престој.
Пред почетокот на сезоната 2005-06, тој се преселил во Португалија во тимот на Насионал, и наскоро стекнал предност пред Енрике Иларио, па станал прв избор меѓу стативите на тимот од островот Мадејра, а поготово станал незаменлив откако ветеранот Иларио отишол во Челзи. За време на неговата прва сезона со клубот тие успеале да се квалификуваат за Купот на УЕФА.
На 22 јануари 2008 година, Беналјо се вратил во Германија, каде потпишал со Волфсбург. Тој го направи своето деби за клубот осум дена подоцна, помагајќи му на неговиот тим да се пласира во четвртфиналето на Германскиот куп по победата издвојувана по изведувањето на пенали над Шалке 04.
Во сезоната 2008-09 во Бундеслигата, Беналјо пропуштил само три натпревари од првенството давајќи голем придонес за освојување на лигашката титула за првпат во историјата на клубот. Во следната сезона, тој се појавил значително помалку пати на голот на Волфсбург, поради повреда.