SARS-CoV-2 delta variáns
A SARS-CoV-2 delta variáns, más néven B.1.617.2 törzs a SARS-CoV-2 B.1.617 törzs variánsa, ez annak a vírusnak a mutációja, ami a COVID-19 járványért felelős.[1] Először Indiában mutatták ki 2020 végén.[2][3] A World Health Organization (WHO) delta variánsnak nevezte el 2021. május 31-én.[4]
Jelmagyarázat:
Osztályozás
A delta variáns mutációi a SARS-CoV-2 tüskefehérjét kódoló génjében vannak,[5] ami a D614G, T478K, P681R és L452R szubsztitúciókat okozza.[6][7] A Nextstrain filogenetikai osztályozási rendszere szerint 21A kládként azonosítják.[8]
2021. május végén a WHO a delta címkét a B.1.617.2 nemzetséghez rendelte, miután új szabályokat vezetett be a görög betűk használatáról az aggasztó és az érdekes változatokra.[4]
A B.1.617. egyéb alágai
A B.1.617 törzs három alágát osztályozták eddig.
A B.1.617.1-et 2021 áprilisában a vizsgálat alatt álló változatnak nevezte ki a Public Health England. Később, 2021 áprilisában a B.1.617.2 és B.1.617.3 változatot jelölték ki a vizsgált variánsoknak. Míg a B.1.617.3-ban és B.1.617.1-ben található L452R és E484Q mutációk közösek, addig a B.1.617.2-ből hiányzik az E484Q mutáció. A B.1.617.2 T478K mutációval rendelkezik, a B.1.617.1-ben és a B.1.617.3-ban ez nem található meg.[9][10] Ezzel egy időben az ECDC kiadott egy rövid ismertetést, amely a B.1.617 mindhárom alágát VOI-ként tartotta fenn, becslései szerint „az ezen B.1.617 törzshöz kapcsolódó kockázatok jobb megértése szükséges, mielőtt a jelenlegi intézkedések bármilyen módosítását fontolóra lehetne venni”.[11]
A SARS-CoV-2 delta variáns aminosav-mutációi a SARS-CoV-2 genomtérképére kerültek, a fehérjetüskére fókuszálva
| Gén | Nukleotid | Aminosav |
|---|---|---|
| ORF1b | P314L | |
| P1000L | ||
| Tüske | G142D | |
| T19R | ||
| R158G | ||
| L452R | ||
| T478K | ||
| D614G | ||
| P681R | ||
| D950N | ||
| E156del | ||
| F157del | ||
| M | I82T | |
| N | D63G | |
| R203M | ||
| D377Y | ||
| orf3a | S26L | |
| orf7a | V82A | |
| T120I | ||
| Források: CDC[12] Covariants.org[13] | ||
A delta/B.1.617.2 genomnak 13 mutációja van (egyes források szerint 15 vagy 17, attól függően, hogy a gyakoribb mutációkat is beleszámolják-e), amelyek megváltoztatják az általa kódolt fehérjék aminosav-szekvenciáit.[3] Négy közülük, amelyek mindegyike szerepel a vírus tüskefehérje kódjában, különös aggodalomra ad okot:
- D614G. A 614-es pozícióban levő aszparaginsav-glicin szubsztitúció, más erősen átvihető változatokkal azonos, például az alfával, a bétával és a gammával közös.[14]
- T478K.[6] A 478. pozícióban lévő csere treonin-lizin szubsztitúció.[15]
- L452R. A 452. pozícióban levő leucin-arginin szubsztitúció a tüskefehérje erősebb affinitását biztosítja az ACE2 receptorhoz[16] és az immunrendszer csökkent felismerési képességét.[7][17] Ezek a mutációk külön-külön, egyenként véve nem egyediek a variánsra nézvést, azonban egyidejű előfordulásuk már igen.[18]
- P681R. A 681. pozícióban lévő prolin-arginin szubsztitúció, amely William A. Haseltine szerint növelheti a variáns sejtszintű fertőzőképességét, „megkönnyítve az S prekurzor fehérje hasítását az aktív S1/S2 konfigurációig”.[19]
Az E484Q mutáció nincs jelen a B.1.617.2 törzs genomjában.[19][20]
Kezelés
A SARS-CoV-2 delta variáns által fertőzöttek kezelése megegyezik a COVID-19 fertőzésével.