Kimikan eta fisikan doktoretza egin zuen eta 1854anLilleko zientzia fakultateko dekano izendatu zuten. 1857an Parisko École Normaleko zientzia ikasketen administrari eta zuzendari izendatu zuten, eta 1888an Pasteur Institutuko zuzendari. Kargu horretan iraun zuen hil zen arte.
Bizitza guztia ikerkuntzan eman zuen; haren aurkikuntzek iraultza handia sortu zuten zientziako alor askotan, hala nola medikuntzan, albaitaritzan, kirurgian eta obstetrizian, eta hari esker kimika eta hartziduren industria bide berriak urratzen hasi ziren.
Berezko sorkuntzaren teoria errefusatzen hasi zenean eta esnearen kontserbazio eta hartzidurari (pasteurizazioa) buruzko ikerketak egiten hasi zenean ezaguna egiten hasi zen garaiko zientzialarien artean.
Pasteurren bizitzaren data garrantzitsuenak honako hauek izan ziren:
1847an, Zientzia Fisikoen doktoretza lortu zuen Parisko Zientzia Fakultatean.
1849an, Maria Laurentekin ezkondu zen. Senar-emazteek bost seme-alaba izan zituzten, horietako hiru umetan hil zirenak.
1847 eta 1853aren artean, kimika irakasle izan zen Dijonen eta Estrasburgon.
1854an, Lilleko zientzia fakultateko dekano izendatu zuten. Kargua hartu zuenean, bere esaldi famatua bota zuen: «Ikerkuntzaren arloan, zoriak izaera prestatuei baizik ez die mesede egiten».
Ardoa, esnea eta beste elikagai batzuk gal ez daitezen, gai horiek berotzea proposatu zuen, horrela mikroorganismo pozoitsuak, eta batez ere tuberkulosiaren baziloa, hil edo indargabetzeko (teknika horri haren omenez pasteurizazioa deitzen zaio).
Ardoaren hondakinetan agertzen den azido tartarikoaren ezaugarri optikoak aurkitu zituen. Aurkikuntza honek molekula batzuek duten isomeria optikoa aztertzeko bidea eman zuen.
Mikrobioei buruz atera zuen teoriaren eraginez, asepsia modu orokorrean erabiltzen hasi ziren.
Jakintza-alor ugari landu bazuen ere, Louis Pasteurren ekarpen baliotsuenak —dudarik gabe— mikrobiologiari lotuta daude, bera izan baitzen lehenengo txertoak erabili zituena eta immunitatearen oinarri teorikoak finkatu zituena. 1881ean karbunkoaren aurkako lehenengo txertoa erabili zuen, eta 1885ean amorruaren aurkakoa.
Azken gaixotasun horren ikerketa 1881ean abiatu zuen zientzialari frantziarrak. Infektatutako txakurrekin lan eginez, amorruaren birusak nerbio-sistema eta burmuina infektatzen zuela agerian jarri zuen. Era berean, burmuinetik isolatutako estraktuak untxietan inokulatuz animalia horietan gaitza sortzen zuela konturatu zen.
Lehenago karbunkoaren bakterioarekin egindako ikerketei esker, Pasteurrek mikrobio patogenoakmoteldu edo ahuldu daitezkeela jakiten zuen. Horrenbestez, amorruaren birusaren birulentzia gutxitzen saiatu zen hildako untxien nerbio ehuna lehortzen. Animaliekin egindako saioetan Pasteurren txertoak bere eraginkortasuna frogatu zuen.
1885ean, txakur amorratu batek Joseph Meister haurrari koska egin zion. Umeak patu iluna zeukan eta hiltzera kondenatuta zegoen birusa bere burmuinera iritsiko zenean. Norbaitek Pasteurren berri eman zion familiari, eta zientzialari frantziarrak dilema gogor bati aurre egin behar izan zion: saiatuko zen umearen bizitza salbatzen gizakiekin inoiz probatu ez zen txerto batekin? Medikuekin mintzatu ondoren, mutikoari bere txertoa jarri zion. Tratamendua oso arrakastatsua izan zen, haurra sendatu zen, eta Pasteurren ospea Europa osora hedatu zen.